這次營業稅改增值稅試點雖然在很大程度上消除了原來的重復征稅，但納稅人的稅負卻增加了不少，特別是目前的營業稅行業多是勞動密集型行業，營業稅改為增值稅后，由于人力成本無法在進項中抵扣，稅基并沒有太大的變化，而稅率卻提高了很多，使得這些行業的稅負陡然增加。據上海市2012年預算報告估計，稅改試點之后，2012年的營業稅將減少56億元，下降11.9%。但增值稅卻從2011年的190億元預計將增加到318億元，兩項相抵，增長72億元。
物流業則是這次“營改增”試點的最大受害者，根據中國物流與采購聯合會今年3月發布的調研報告和政策建議顯示，裝卸搬運服務和貨物運輸服務從3%的營業稅稅率調整為11%的增值稅稅率，上海物流業企業實際稅負大幅增加，少則上漲一倍，多則上漲兩倍以上。改征增值稅后，交通運輸企業可抵扣的項目主要為購置運輸工具和燃油、修理費所含的進項稅，但對過去購置的運輸工具不能進行抵扣，而燃油、修理費等可抵扣進項稅的成本在總成本中所占比重不足40%，人力成本、路橋費、房屋租金、保險費等主要成本卻均不在抵扣范圍內。
勞動密集型企業在營業稅改增值稅后稅收成本大增，但并不能因此否認營業稅改增值稅的必要性。事實上所有人都得利了：消費者會減免多重征稅帶來的稅負，原來的營業稅納稅人和增值稅納稅人都增加了交易的選擇空間，這都會刺激市場更好的發展。而要解決勞動密集型企業的困難，只能通過降低增值稅稅率、擴大進項抵扣范圍來解決，特別是應該把人力成本等各項真實成本都包括到進項抵扣的范圍中來。
小額納稅人制度
除營業稅與增值稅共存外，我國增值稅的另一個嚴重問題是小規模納稅人制度。
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我國增值稅法將增值稅納稅人按規模分為一般納稅人和小規模納稅人。小企業被劃為小規模納稅人，無權抵扣外購項目的進項稅額，并且按全部銷售額全值征收，目前的稅率為3%。這實際上就是一種營業稅，完全沒有任何增值稅的優勢，必然導致小規模納稅人的產品會被多重征稅。
小規模納稅人的“增值稅”之所以被稱為增值稅，無非是因為小規模納稅人銷售給一般納稅人時可以開出增值稅發票給一般納稅人用于抵扣。但實際上，這僅有的一點優惠在實際操作中也相當麻煩：現行政策下小規模納稅人自己不能直接開增值稅發票，只能到當地稅務機關申請。
除重復征稅嚴重之外，小規模納稅人制度還會妨礙一般納稅人與小企業的交易。小規模納稅人都是小企業，其增值稅稅率是3%，一般納稅人如果選擇從小規模納稅人處購買產品，在銷售時要按17%或13%的比率納稅，而抵扣只有3%;這大大限制了一般納稅人與小規模納稅人的交易熱情。舉個例子來說，小規模納稅人A公司將一個產品以不含稅價格120萬元賣給一般納稅人B公司，再加個3%的增值稅，最終含稅價格為123.6萬元，當B公司再將這個產品賣給最終消費者時，如果要凈賺5萬元，那么不含稅賣出的價格應該是125萬元，在銷售時再繳納17%的增值稅，稅負為21.25萬元，但B公司只能抵扣3.6萬元。這一過程B公司實際只增值了5萬元，卻要繳納17.65萬元的稅，遠遠超過了實際應該收取的增值稅0.85萬元(5萬×17%)!
很明顯，只要小規模納稅人與一般納稅人在相同的行業，經營相同的業務，小規模納稅人根本無法跟一般納稅人產生什么交易。對一般納稅人來說，只要同樣的產品其他一般納稅人可以提供，那么它肯定選擇與一般納稅人交易，而不是與小規模納稅人交易。這會給行業帶來一個奇怪的后果，即規模大的企業只和規模大的企業交易，小企業的市場空間被嚴重的限制在一個比較小的規模。這就是增值稅制度不徹底給市場帶來的扭曲。
無論是從理論還是從實踐上來看，小規模納稅人不僅存在多重征稅的問題，而且還人為將市場割裂開來，阻礙了小規模企業與大規模企業之間的業務往來，扭曲了市場的資源配置機制。所以，中國在增值稅的改革上，繼生產型轉型為消費型之后的另一步改革，應該是取消小規模納稅人，通過合理的注冊標準把它們納入增值稅納稅范圍之內，對達不到標準的低收入經營者，可實行免稅政策。
所得稅的重復征稅
“所得”是指純收入，個人所得就是個人在銷售自己的體力、智力或財產所有權和使用權等抽象事物時獲得的“增值”部分，企業所得則是商品純利潤的總和。所得稅是對個人或企業的所得直接扣稅，可分為個人所得稅與企業所得稅，其稅基主要是個人與企業的勞務所得、投資所得、經營所得和其它偶然所得。
所得稅，無論是個人所得稅還是企業所得稅，都是屬于重復征稅，雖然理論界很少有人這么思考，但個人所得、企業所得與商品銷售的利潤都屬于同一經濟淵源。
從市場交易過程來看，任何銷售行為都不可能脫離人而自動發生，銷售過程必定包含有人力成本。同樣，人在銷售自己的智力或體力時，也必須有產出(具體物質的產出或抽象產品的產出)，否則也不可能有人購買，單純的人力銷售不可能存在。因此，商品在銷售過程中必然包括兩類成本：物質成本與人力成本，而商品的銷售價格中都包括了三部分：物質成本、人力成本和利潤。其中的人力成本就是個人在銷售自己勞動時所獲得的收入，也就是個人所得稅中所規定的個人應稅所得。
商品在流通環節會被征收增值稅，但根據增值稅法，人力成本也包括在商品的增值額當中，不能在進項中抵扣，增值稅的稅基為商品銷售價格減去其物質成本的差額，這樣，商品的人力成本也被包括在增值稅的稅基當中。
增值稅稅基=銷售價格總額-物質成本=人力成本+利潤
從這個公式中我們可看出，在增值稅征收過程中，對人力成本也征收了增值稅。也就是說，企業員工的工資、薪金和其他人員的勞務報酬都在商品銷售過程中已經被征收了一次增值稅。當企業把這部分錢作為工資、薪金或勞務報酬支付給相應的個人時，個人所得稅法又將其視為“所得”，又對其征收一次個人所得稅。從商品銷售中的增值過程來看，增值稅與個人所得稅是對同一稅基各征了一次稅，個人所得先后被增值稅和個人所得稅兩次征稅。
同樣，企業所得稅針對企業的純收益征稅，但企業的純收益同樣來源于企業生產和銷售商品的過程，是企業在銷售每一件商品過程所賺取的純利潤的總和。企業純收益可以分解到企業銷售的每一件商品中，都是從每一件具體的商品銷售過程中產生。在銷售過程中，商品的利潤都被征收了增值稅或者營業稅，企業把被征收過增值稅或營業稅的稅后利潤匯總在一起，到年底會被視為企業所得，又被征收企業所得稅，這樣，企業利潤也先后被征稅兩次。
在各類所得中，股息與紅利的所得又是重復最嚴重的，先后被三次征稅。從生產經營環節來看，個人的股息和紅利這部收入來自商品銷售過程中的利潤，這部分利潤在商品流轉過程都被征過增值稅或營業稅，這是第一次征稅。企業留下這部分稅后利潤后，會被征收一次企業所得稅，這是這部分利潤第二次被征稅。然后，當這部分利潤被當作股息或紅利發給相應的股東的時候，根據我國的《個人所得稅法》這些利潤又會被征收稅率為20%的個人所得稅，這是第三次征稅。
股息和紅利被三次重復征稅，使得資本有效稅率遠高于勞動和消費的有效稅率。根據2000年-2007年的平均數，我國資本有效稅率為22.51%，而勞動和消費的有效稅率分別為7.3%和12.84%。這種嚴重的重復征稅非常不利于民間投資;會扭曲非公司部門、上市公司與非上市公司之間效率與公平;還會影響公司的融資策略，使公司更傾向于債務融資，而不是募股融資。
單一稅：中國稅制改革的新方向
我國稅制非常繁雜，重復征稅嚴重，間接稅與直接稅的比例也很不合理，對任何單一稅種進行修訂和調整，都無法解決稅制的結構性缺陷。在這種稅制框架下的改革，怎么改都難以降低企業和民眾的稅負。只有對稅制進行通盤考慮，對稅制進行整體性改革，而不是對某一種或幾種稅收進行修修補補，才可能改出既滿足財政需求，又能適應經濟發展的優良稅制。
一個優良的稅制應該簡單有效，符合稅收中性原則，能最大限度地減少對經濟的扭曲，同時又能滿足國家的財政需要，保證必要的公共產品的供給。從這一點來看，增值稅非常符合最優稅制的特點，故增值稅自誕生以來一直表現出強勁的生命力。
因此，我們主張以增值稅為基礎的單一稅制度，具體說來就是：把增值稅“擴圍”到所有行業，并取代所有其他的間接稅，同時把所得也納入商品增值的范疇加以考慮。
首先，增值稅應該擴展到所有行業，對國內消費的商品和勞務普遍征收，從生產環節、進口環節、經營環節、提供勞務服務環節直至最終消費，不區分何種商品、勞務，都統一按單一稅率征稅，并把稅率降到10%以下。同時取消營業稅、消費稅、城鎮土地增值稅等各種繁雜的間接稅。
其次，從整個商品增值過程來看，所得稅是屬于重復征稅，按理應該全部取消。但個人所得稅在憲政國家中有特殊意義，個稅直接針對個人的收入征稅，由民眾直接繳納，而且不可以轉嫁，這樣民眾會產生很大的“稅痛”，自然會更加關心公共事務，關注稅款的去向與用途，政府就不太容易濫用職權和稅款。因此，企業所得稅必須取消，但個人所得稅應該保留。
既然保留個人所得稅，那如何避免重復征稅呢?辦法很簡單，與解決固定資產重復征稅類似，把商品銷售中的人力成本從增值部分移除，這樣工資、薪水和勞務報酬就不再被征增值稅，人們的收入只需繳一次個人所得稅就行。但如果增值稅與個人所得稅的稅率不一致，會產生各種逃稅的機會，因此，從更徹底的邏輯來講，個人所得稅也只能有一個稅率，并且這個稅率必須與增值稅相同。
單一稅制度具有“低稅率、寬稅基”的特點，簡單而有效率，易于征管，人們避稅動機不強，逃稅空間也很小，完全滿足“稅收中性”的原則，能最大限度地消除重復征稅，非常有利于經濟增長和國家繁榮。更為重要的是，這種新稅制在中國不需要另起爐灶，通過改革現有稅制就可以順利達到。(本文部分內容源自《傳知行2011年公民稅權手冊——“重復征稅”特輯》，作者系傳知行社會經濟研究所研究員)
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