兩稅合一已成定局。這對于長三角無論是外資還是內資企業都是一個好消息，但是，正如中國社會科學院財貿所段炳德所言，企業更愿意接受一個穩定的稅收政策而非優惠卻不穩定的政策。政策的穩定，一方面由政策的延續性來保證，另一方面，必須由政策的細化程度來保證。
以新稅法的優惠政策來說。對符合條件的小型微利企業實行20%的優惠稅率，對國家需要重點扶持的高新技術企業實行15%的優惠稅率，擴大對創業投資企業的稅收優惠，以及企業投資于環境保護、節能節水、安全生產等方面的稅收優惠。同時，保留對農林牧漁業、基礎設施投資的稅收優惠政策。對勞服企業、福利企業、資源綜合利用企業的直接減免稅政策采取替代性優惠政策。
這些優惠細則表面看來將有利于國家產業結構調整，有利于國家扶持弱勢和落實保障政策，但是一旦實施，就有可能遇到一些問題。比如，高新技術企業怎么界定，由誰來審批。如果由地方來審批，是否可能造成標準不統一，摻雜地方利益的問題。如果由中央統一審批，是否又會造成效率低下。同樣地，小型微利企業怎么劃分，環保企業、資源綜合利用企業怎么認定，這些都需要新稅法盡快出臺細節來保證。
除此以外，有專家分析指出，盡管內資企業降低了稅率，但是對于長三角很多城市來說，考慮到長三角外向型經濟發展較好，外資企業的數量和質量在全國都處于領先地位，外資企業稅率的提高對緩解財政減收壓力的作用明顯。政府在這個情況下，應該考慮更合理分配財政收入，尤其是把財政收入更多地投入到解決民生問題中。過去的幾年中，長三角政府財政收入在教育、醫療衛生、社會保障等領域的投入一直在增加，但是，增速與經濟增長速度仍然不配套。
另外，對于長三角來說，一旦兩稅合一正式推行，部分跨國企業的利益還是將在一定程度上受損。資本的逐利性是不可改變的，不少跨國企業很可能出現全球轉移定價的避稅行為。這不但損害相關國家的稅收利益，也挑戰所在國的稅法權威。因此，其行為一直是國際稅收合作中打擊的重點。兩稅合一后，對于類似的外商避稅暗流，國家監管層應該提早準備。
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