據馮軍介紹，華旗十幾年的發展表明，只有堅持技術、設計和應用等方面的創新，建立創新的一系列機制，才能保證公司整體創新環境的建立及企業長久發展。
目前，愛國者已經成功建立了一個由多個分支機構組成、各有專長的研發中心，公司在最高管理層中設立了研發副總裁，負責研發中心統一管理，華旗現在的研發設計人員約500人，其中博士及海外歸國技術人員占10%，碩士研究生占30%以上。
1999年，華旗看準互聯網等產業的發展機會，開始將產品方向朝大容量的移動硬盤轉移。最初引進了1G硬盤，后來又開始自主研發5G和10G的硬盤。1999年11月，華旗愛國者5G硬盤上市后馬上吸引了石油以及政府這些需要大容量存貯的專業機構采購，這些部門的批量訂貨也讓華旗看到了自主創新的出路。
推出自有品牌產品之后，華旗注重設計和應用領域的創新工作。這種集成外來技術進行整合創新的路徑，造就了華旗在MP3領域的多個世界第一。USB移動存儲技術和MP3播放芯片都不是華旗發明的，但華旗是全球第一家將二者結合并“擴容”原始MP3功能的企業；當彩屏MP3在海外市場出現后不久，華旗卻在這個基礎上推出享有自主專利的視頻MP3、眼鏡MP3、手表MP3。
2004年，華旗數碼研究院將研發800萬像素數碼相機列入產品規劃時，一度為掌握在日本公司手中的鏡頭成像和CCD等數碼技術專利所困擾。按照行業發展現狀，國內任何數碼相機提供商，都無法回避這些專利技術的困擾，解決問題的方式只有向這些專利掌控者們證明華旗的技術實力。
2004年7月，華旗研究院完成了水印和數碼成像技術第一期集成方案，圍繞該方案華旗研究院擁有12項發明專利和3項軟件著作權。經過漫長的談判，華旗終于實現了與日本相關廠商的專利共享，華旗才有了可以說是中國人自己的800萬像素數碼相機。
“我們要塑造一個集研發、推廣、服務為一體的新華旗，它將成為一個在任何所從事的領域都數一數二的企業，它將成為一個在任何時候都讓國人驕傲的名字。”馮軍說，“我們要將愛國者建設成為令國人驕傲的國際品牌。”
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