但是，S1線上馬磁懸浮的消息，給海淀多個沿線小區居民帶來的是擔憂。
5月11日，中國房子小區業主開始征集簽名，反對建設磁懸浮。小區一名業主介紹，通磁懸浮的高架線在小區北邊，小區住著近萬人，擔心電磁輻射影響身體健康。
同期，碧森里小區業主開始簽名，反對磁懸浮在S1線上馬。小區業委會籌備組負責人高潔說，小區離磁懸浮線路只有二十幾米，距離太近，電磁輻射和噪聲會對業主的身體、生活造成影響，“最好修傳統的地鐵，一定要修磁懸浮的話也要走地下”。
《公示》如此說明電磁環境影響：主要發生在地面高架橋段，高架線磁懸浮列車運行時可能會對開放式電視接收用戶產生電磁干擾以及對人體健康的影響。對于聲環境影響則明確為：建成運營后，對環境產生影響的主要噪聲源是地面磁懸浮列車運行時產生的噪聲，風亭、冷卻塔噪聲以及車輛段、停車場廠界噪聲。
對此，小區業主頗為不滿，認為它未提及對沿線近距離公眾構成直接人身安全隱患和身心健康的影響意見。
此后，業主的簽名及意見書被寄往鐵科院和北京市有關部門。
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地下線路長度意外更改
7天后，意想不到的情況發生了。
《公示》在鐵科院網站上被撤了下來，隨后又掛上去，標題相同，但內容已變。曾多次給市長信箱、鐵科院發意見書的業主Cxfs(網名)分外高興，認為這是一次小小的勝利，促使他更有動力去推動磁懸浮“下馬”。
讓沿線居民感到高興的改變是：更新后的《公示》注明，S1線“在西郊糧庫專用線前入地，下穿永定河引水渠、西四環”，地下線長度由此前公示的約0.455公里，變更為2.969公里。
高潔說，地下線延長后，受影響的居住區將減少。但是，碧森里、中國房子附近，磁懸浮項目仍在地面上走。因此，他們將繼續反對，將組織的簽名和意見書發到有關部門。
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